Primeiramente convém esclarecer que as expressões CIF e FOB nasceram da prática do comércio exterior, definindo as obrigações contratuais entre o vendedor e o comprador (condições de pagamento, transporte de mercadorias etc.)

Embora tivessem sido criadas para constar nas cláusulas de comércio exterior, com o decorrer do tempo foram sendo adaptadas para as operações realizadas no mercado interno, cujas obrigações, no que tange ao transporte de mercadorias, resumem-se no seguinte:

- CIF (Cost, Insurance and Freight - Custo, Seguro e Frete): Nas operações mercantis com este tipo de cláusula, o estabelecimento vendedor compromete-se a realizar o transporte das mercadorias até o estabelecimento do comprador ou contratar, por sua conta e nas condições usuais, o transporte destas. É aquele em que o custo do frete e do seguro é de responsabilidade do vendedor ou remetente.

Em termos simplistas, perante o ICMS, a expressão "frete CIF" tem a conotação de que o custo do frete já está embutido no preço da mercadoria, ou seja, pelo preço cobrado pela mercadoria, o remetente se compromete a entregá-la, livre de custos adicionais, no local indicado pelo destinatário. É o que, coloquialmente, se costuma identificar como "frete pago". Estando o frete, no caso, embutido e rateado no valor das Mercadorias, ele não aparecerá, especificadamente, na nota fiscal.

- FOB (Free on Board - Colocado livre a bordo): nas operações mercantis com este tipo de cláusula, o estabelecimento comprador compromete-se a retirar as mercadorias ou contratar, por sua conta, o transporte destas. Neste o custo do frete e do seguro é de responsabilidade do comprador ou destinatário.

Esta cláusula negocial pode ter conotação distinta, no caso de contratos internacionais de compra e venda, para efeitos da legislação aduaneira. 

Perante a legislação do ICMS, contudo, em resumo, a conotação da expressão "frete FOB" é a de que o valor do frete não está embutido no preço da mercadoria, no sentido de que o remetente pode até se encarregar de entregar (ou mandar entregar) a mercadoria no local indicado pelo destinatário, mas mediante cobrança do valor do frete à parte (no caso de carga própria) ou cobrança, à parte, de reembolso do valor do frete cobrado (no caso de contratar transportador para fazer a entrega).

É o que se costuma identificar como "frete a pagar". Note-se que, em tais casos, o valor do frete cobrado como despesa acessória pelo vendedor remetente, deverá ser indicado no campo próprio do documento fiscal (valor do frete) e obrigatoriamente comporá a base de cálculo do ICMS incidente sobre a mercadoria, pois o acessório segue o principal (Resposta à Consulta do fisco paulista nº 499/1981).

Decreto nº 45.490, de 30.11.2000 - DOE SP de 01.12.2000 - Ret. DOE SP de 13.01.2000
(...)
Art. 37. Ressalvados os casos expressamente previstos, a base de cálculo do imposto nas hipóteses do artigo 2º é (Lei nº 6.374/89, art. 24, na redação da Lei nº 10.619/2000, art. 1 , XIII):
(...)
§ 1º - Incluem-se na base de cálculo:
(...)
2 - frete, se cobrado em separado, relativo a transporte intramunicipal, intermunicipal ou interestadual, realizado pelo próprio remetente ou por sua conta e ordem;

(...)

O comprador da mercadoria fará a escrituração no livro Registro de Entradas como crédito, quando for o caso, do valor total da nota fiscal (frete mercadoria/despesa acessória). 

Observe-se que o comprador da mercadoria não receberá o CTRC, haja vista não ser ele o tomador do serviço de transporte. Tomador do serviço de transporte é aquele que paga, que arca com o ônus financeiro pelo pagamento do transporte.

CONCLUSÃO: Considerando que:

a) o frete contratado sob a cláusula CIF é aquele que deve estar embutido e rateado no preço da mercadoria, sem ter seu valor mencionado no documento fiscal;

b) o frete contratado sob a cláusula FOB é aquele que não está embutido no preço da mercadoria e tem o valor indicado no documento fiscal;

c) qualquer valor acessório indicado no documento fiscal deve compor a base de cálculo do ICMS (e demais tributos, também);

Nosso entendimento é que independente da cláusula contratual do frete informada pelo usuário, CIF ou FOB, havendo valor de frete informado no documento, este seja considerado para o cálculo dos tributos (ICMS/IPI/PIS/COFINS), conforme configuração e também seja somado ao total da nota fiscal.

Este entendimento segue as normas tributárias, que não preveem as cláusulas CIF ou FOB, bastando que o frete esteja indicado no documento fiscal para ser considerado como valor acessório e sobre o mesmo deverão ser calculados os tributos da operação.

Como deverão seguir as escriturações dos serviços "CIF" no SPED Fiscal?

Segundo o Guia Prático 3.1.6 as escriturações dos serviços de frete devem seguir das seguintes formas:

NF-e - Modelo 55 - Registro C100: A partir de 2018 as escriturações para os serviços de frete CIF serão escriturados nos indicadores 0 - Contratação do Frete por conta do Remetente (CIF) conforme abaixo.

Campo 17 (IND_FRT) - Valores válidos: [0, 1, 2, 9]

Preenchimento: Em operações tais como: remessas simbólicas, faturamento simbólico, transporte próprio, venda balcão, informar o código “9 - sem frete”, ou seja, operações sem cobrança de frete. Quando houver transporte com mais de um responsável pelo seu pagamento, deve ser informado o indicador do frete relativo ao responsável pelo primeiro percurso.

A partir de 01/01/2018: Valores válidos: [0, 1, 2, 3, 4, 9]