Encontrado erro que, quando o contrato tem mais de um desconto com mesma descrição, percentual e tipo, no momento de calcular o desconto era agrupado e um deles era desconsiderado.
Corrigido erro alterando para agrupar pelo sequencial, fazendo com que nenhum desconto seja desconsiderado.
Se estiver na versão 19.07, atualizar o sistema para a release 19.07.104 ou release superior.
Se estiver na versão 20.01, atualizar o sistema para a release 20.01.041 ou release superior.
A aplicação alterada se encontra no caminho: AcruxRecebimento > Atacado/Varejo > Recebimento de Notas.