Em relação ao CID entendemos que deve ser adequado a exigência da CLT e manual do e-Social, como consta no próprio manual do e-Social versão 2-4-02 no item 18 do evento S-2230 - Afastamento Temporário: 

18) A informação do código da tabela de Classificação Internacional de Doenças (CID) é obrigatória quando o afastamento ocorrer em virtude de acidente/doença do trabalho ou na suspeita destes, de acordo com o disposto no artigo 169 da CLT.

A Consolidação das Leis do Trabalho - Decreto Lei 5452/43 determina: 

Art. 169 - Será obrigatória a notificação das doenças profissionais e das produzidas em virtude de condições especiais de trabalho, comprovadas ou objeto de suspeita, de conformidade com as instruções expedidas pelo Ministério do Trabalho. (Redação dada pela Lei nº 6.514, de 22.12.1977).

Com vistas a garantir os direitos trabalhistas e previdenciários de seus pacientes, os médicos que assistirem trabalhadores vítimas de qualquer doença que enseje afastamento temporário, diferente de acidente de trabalho ou doença a ele relacionada, pode solicitar autorização expressa do paciente em atestado médico, para inserção do código da CID, conforme o disposto no artigo 102 do Código de Ética Médica.

O eSocial valida os códigos da cid conforme tabela SPED nº60, é possível lançar com 3 ou 4 dígitos. Não necessariamente sejam sempre 4 dígitos, até porque constam doenças que não teremos os 4 dígitos

Anteriormente a tabela SPED nº 60 continha apenas códigos de 4 dígitos e isso gerou muitas inconsistências, por isso a tabela foi atualizada de forma a constar os Cids de três dígitos