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O convênio 100/97 estabelece que os Estados signatários podem entre outras determinações, reduzir a base de calculo do ICMS da operação própria nas saídas dos insumos agropecuários que elenca. 

A redução da base está diretamente ligada à dedução do ICMS Dispensado (aquele que foi calculado a partir do valor reduzido do imposto) do valor total do documento fiscal. Assim, vamos supor que em uma aquisição de insumos o contribuinte se enquadre nos produtos elencados da clausula 1º por exemplo, no qual a redução de base é de 60%. Sobre o valor reduzido, seria aplicada a alíquota do imposto de acordo com a operação, e o resultado deve ser deduzido do valor total do documento fiscal de saída. 

A dedução do ICMS Dispensado do total do documento fiscal é uma condição para que o contribuinte possa ter o direito aos benefícios fiscais  de redução de base de calculo do ICMS, nas operações com insumos agrícolas, dispostos no convenio 100/97. 

Os descontos incondicionais poderão ser excluídos da base de cálculo do PIS e da COFINS, conforme estabelece a IN RFB 1911/2019, que apenas ratifica o que já era estabelecido pela Lei 1598/77.

IN RFB 1911/2019

DAS EXCLUSÕES DA BASE DE CÁLCULO

Seção I

Das Exclusões Gerais

Art. 27. Para fins de determinação da base de cálculo a que se refere o art. 26 podem ser excluídos os valores referentes a:

...

III - descontos incondicionais concedidos;

...

O valor do ICMS  desonerado é equivalente ao Desconto Incondicional, visto que este valor não é um ônus nem para o vendedor, tampouco para o adquirente, além de também não ter que ser estornado na grande maioria dos benefícios fiscais deste tipo. Esse entendimento pode ser deduzido da Solução Cosit 211/2015, que equipara o valor do ICMS Desonerado ao Desconto Incondicional, que deverá, por norma expressa, ser excluído da Base de Cálculo dos Tributos Federais. 

Escrituração na EFD-Contribuições

A RFB, disponibilizou em seu Portal Sítio SPED, a versão 1.35, com informações sobre o ajuste da base de cálculo do PIS/Cofins sobre o Desconto Incondicional, onde deve ser realizado de forma consolidada para os registros C181 e C185 a que se referem os documentos fiscais, de acordo com as tabelas abaixo.

No caso da pessoa jurídica ter auferido receitas de não tributada (CST 04, 06, 07, 08 e 09), a exclusão, desconto incondicional e demais exclusões do ICMS deve ser vinculada à correspondente natureza de receita.

Conforme Manual 1.35: no caso de uma operação de venda interestadual no valor total R$ 4.000,00 referente a uma receita com alíquota zero (CST 06) com ICMS Desonerado de R$ 480,00 (Exemplo), devem estes valores do ICMS serem excluídos da base de cálculo de cada um dos itens nos registros C180 e filhos, mais precisamente no Campo 05 VL_DESC, teríamos a seguinte visualização desta operação no registro C181 (o registro C185 seria equivalente): 

OBS: Mesmo ocorrendo o desconto incondicional, na EFD Contribuições o valor da Receita Bruta é considerado o valor total do item e não a receita abatida com o desconto incondicional no preço da mercadoria. Devido a isso, os Registros 0111* Campo 03 - Receita Bruta Não-Cumulativa – Não Tributada no Mercado Interno (Vendas com suspensão, alíquota zero, isenção e sem incidência das contribuições), Registros M400/M800 Campo 03 VL_TOT_REC, devem ser correspondentes ao Campo 04 VL_ITEM dos Registro C181/C185. , devem ser correspondentes ao Registro C170 Campo 7 VL_ITEM.

*Obs: Lembrando que o Registro 0111 não há regra de validação.