Passo a passo:
Para efetuar a limpeza do Ctree, deve-se seguir os seguintes passos:
Parar todo o ambiente do Protheus, servidores do Protheus (Master Balance e Slave´s), Licenses e WorkFlow (caso esteja separado);
Parar o serviço do Ctree Server;
Apagar os arquivos de índices (*.CDX, .IDX e *.IND) do Protheus que estão na pasta SYSTEM ou equivalente;
Apagar o conteúdo da pasta CTREEINT, criada dentro da pasta SYSTEM;
Apagar os arquivos de índices (*.CDX) do Protheus que estão na pasta PROFILE instanciada no PROTHEUS_DATA;
Apagar o conteúdo da pasta CTREEINT, criada dentro da pasta PROFILE;
Retirar da pasta onde está instalado o CtreeServer os arquivos com extensão *.FCS (ideal é criar uma pasta para guarda-los como backup e futura análise mas retirando da pasta original);
Subir o CtreeServer;
Subir pelo menos um serviço do Protheus caso exista balance;
Efetuar acesso STAND ALONE (sozinho) no sistema para que sejam criados os índices e assim evitar concorrência no sistema. Caso existam mais empresas, deve-se entrar uma à uma para a criação dos índices. Pode-se utilizar o Módulo do Configurador para a criação dos índices pois não carrega tabelas do banco e assim será mais rápida a liberação para o sistema;
Após a criação de todos os índices de todas as empresas, sair do Módulo que foi acessado;
Parar o serviço do CtreeServer e subi-lo novamente (restartar);
Subir os serviços dos Protheus e liberar acesso aos usuários.
Observação:
Em ambientes com o dicionário já migrado ao banco de dados, o procedimento ainda pode ser feito visto que arquivos CTREE ainda podem ser criados em customizações e legado, porém o Profile por exemplo já está no banco de dados, portanto a pasta Profile pode não existir ou vazia.