Encontrado erro que ao gerar CT-e pelo Recebimento de CT-e, não estava sendo marcado o indicador de que foi importado de XML.
Corrigido erro setando o indicador se foi importado de XML, caso o objeto tenha sido chamado pela aplicação de Recebimento de CT-e.
Atualizar o sistema para a versão 20.01.034 ou versão superior.
Os procedimentos podem ser realizados através do AcruxRecebimento > Atacado/Varejo > Recebimento CTe