Múltiplos vínculos é uma situação identificada quando um único funcionário possua dois contratos de trabalho, na mesma empresa, independente da filial em que esteja cadastrado, ou seja, quando o funcionário possuir dois vínculos empregatícios com a mesma empresa ou empresa distinta.

De acordo com o Art. 677 § 2º do DECRETO Nº 9.580, DE 22 DE NOVEMBRO DE 2018, quando há mais de um pagamento a qualquer título pela mesma fonte pagadora, aplica-se a alíquota correspondente a soma dos rendimentos pagos a pessoa física.

Logo, se um funcionário com múltiplos vínculos, sendo estes vínculos na mesma empresa (matriz - filial ou filial - filial) as bases são somadas para encontrar a alíquota para cálculo do IRRF e a dedução de dependente ocorrerá uma única vez.

(...)

§ 2º O imposto sobre a renda será retido por ocasião de cada pagamento e se, no mês, houver mais de um pagamento, a qualquer título, pela mesma fonte pagadora, será aplicada a alíquota correspondente à soma dos rendimentos pagos à pessoa física, ressalvado o disposto no § 1º do art. 776, deduzido o imposto anteriormente retido no próprio mês (Lei nº 7.713, de 1988, art. 7º, § 1º; e Lei nº 8.134, de 1990, art. 3º).

(...)

Quando falamos de Pagamento em empresas distintas a apuração do IR ocorrerá de forma separada, a empresa aplica a tabela progressiva mensal sobre os rendimentos pagos por ela ao empregado. Na Declaração de Ajuste Anual é que o empregador irá somar todos os rendimentos e apurar o IR devido.

Dedução de IR na base de cálculo da Pensão Alimentícia

A pessoa física, para efeito de base de cálculo mensal do Imposto de Renda, poderá deduzir as importâncias pagas a título de pensão alimentícia em face das normas do Direito de Família, quando em cumprimento de decisão judicial ou acordo homologado judicialmente.

INSTRUÇÃO NORMATIVA RFB Nº 1500, DE 29 DE OUTUBRO DE 2014

(...)

Art. 52. A base de cálculo sujeita à incidência mensal do IRRF é determinada mediante a dedução das seguintes parcelas do rendimento tributável:
I - as importâncias pagas em dinheiro a título de pensão alimentícia em face das normas do direito de família, quando em cumprimento de decisão judicial, inclusive a prestação de alimentos provisionais, de acordo homologado judicialmente, ou de escritura pública a que se refere o art. 1.124-A da Lei nº 5.869, de 11 de janeiro de 1973 - Código de Processo Civil;
II - a quantia, por dependente, constante da tabela mensal do Anexo VI a esta Instrução Normativa;
III - as contribuições para a Previdência Social da União, dos estados, do Distrito Federal e dos municípios;
IV - as contribuições para as entidades de previdência complementar domiciliadas no Brasil e as contribuições para os Fapi, cujo ônus tenha sido do contribuinte, destinadas a custear benefícios complementares assemelhados aos da Previdência Social, no caso de trabalhador com vínculo empregatício ou de administradores;
V - as contribuições para as entidades de previdência complementar de que trata a Lei nº 12.618, de 30 de abril de 2012; e
V - as contribuições para as entidades de previdência complementar de natureza pública de que trata o § 15 do art. 40 da Constituição Federal, cujo ônus tenha sido do contribuinte, destinadas a custear benefícios complementares assemelhados aos da Previdência Social; e (Redação dada pelo(a) Instrução Normativa RFB nº 1558, de 31 de março de 2015)
VI - a quantia, correspondente à parcela isenta dos rendimentos provenientes de aposentadoria e pensão, transferência para a reserva remunerada ou reforma, pagos pela Previdência Social da União, dos estados, do Distrito Federal e dos municípios, por qualquer pessoa jurídica de direito público interno ou por entidade de previdência complementar, a partir do mês em que o contribuinte completar 65 (sessenta e cinco) anos de idade, até o valor mensal constante da tabela do Anexo I a esta Instrução Normativa.
§ 1º Quando a fonte pagadora não for responsável pelo desconto das contribuições de que trata o inciso IV do caput, os valores pagos a esse título podem ser considerados para fins de dedução da base de cálculo sujeita ao imposto mensal, desde que haja anuência da fonte pagadora e que o beneficiário lhe forneça o original do comprovante de pagamento.
§ 2º Aplica-se o disposto no inciso I do caput, independentemente de o beneficiário ser considerado dependente para fins do disposto no art. 90.

(...)

Sugestão de leitura: Orientações Consultoria de Segmentos - 6654663 - Dedução do IRRF na BC da pensão alimentícia - Folha

Não há na legislação de uma forma explicita como ocorrerá a dedução de IRRF na base de cálculo da pensão alimentícia para casos de mais de um vinculo na mesma fonte pagadora. Seguindo a analogia que as bases são somadas para encontrar a alíquota para cálculo do IRRF e a dedução de dependente ocorrerá uma única vez, nosso entendimento e que a base para o cálculo da pensão será somada. Lembrando que deve observar o que consta em Ofício em respeito aos descontos e deduções.

eSocial

A versão S-1.0 do eSocial será a base para receber as informações de Imposto de Renda sobre rendimentos do trabalho (retenções, deduções e informações complementares visando a substituição da DIRF).

A Minuta NDE 01 - eSocial S-1_0 - IR sobre Rendimentos do Trabalho, menciona que é necessário considerar 3 premissas básicas para o modelo IR sobre rendimentos do trabalho no eSocial: 

Todas as informações são apresentadas no evento S-1200 e deve ser consolidado pelo CPF do trabalhador, logo, para cada empregado deve ser enviado apenas um único evento relativo à competência, contemplando assim todos os demonstrativos das folhas que ele tenha direito a receber, e também referente a todos os contratos simultâneos que ele possua com aquele empregador.