Conforme atualizações nas diretrizes do documento fiscal CT-e modelo 57 a partir de Abril de 2023, por meio do Ajuste Sinief 31/2022, não será mais exigido para o tomador pessoa física a emissão da declaração mencionando o número e data da emissão do CT-e emitido com erro e o motivo do erro, e para o tomador pessoa jurídica, não será mais exigido a emissão de NF-e de  “Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte”. Em ambos os casos, passará a ser exigido somente o envio do Evento de Desacordo do CT-e. Com isso, o prestador não será obrigado a emitir o CT-e de anulação, emitindo, se for o caso, apenas o CT-e de substituição. 

Sendo assim, cada Unidade Federativa passou a direcionar seus contribuintes quanto a forma correta de formalizar esses estornos dentro das operações de entradas e saídas desses documentos.

A maioria dos estados tem se posicionado com o mesmo entendimento quanto ao tema, à exemplo do Fisco de São Paulo que  orienta o seguinte na RESPOSTA À CONSULTA TRIBUTÁRIA 28751/2023

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7. Prosseguindo, pelo procedimento de substituição, após registro do evento pelo tomador do serviço indicado no CT-e original, o transportador deverá emitir o CT-e substituto, que, para todos os efeitos, substituirá o CT-e original, sendo que o documento substituído deverá ser referenciado no CT-e substituto e o motivo do erro também deverá estar especificado no novo documento fiscal. Além disso, está expresso que o tomador somente poderá utilizar-se de eventual crédito decorrente do procedimento somente após a escrituração do CT-e substituto.

8. Nesse sentido, resta claro, que no âmbito do procedimento de substituição do CT-e, o novo documento fiscal emitido (com as informações corretas) irá substituir para todos os efeitos o CT-e original (emitido com erro), sendo necessário que todos os efeitos da prestação erroneamente registrada com base em CT-e substituído sejam anulados.

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Nesse contexto, é de entendimento que o novo documento fiscal emitido (com as informações corretas) irá substituir para todos os efeitos o CT-e original (emitido com erro).

Como será ajustado os valores de PIS/COFINS no processo de substituição?

É importante ressaltar que cada Unidade Federativa passou a direcionar seus contribuintes quanto a forma correta de formalizar esses estornos dentro das operações de entradas e saídas desses documentos através dos códigos fornecidos pela Tabela 5.3 da EFD-ICMS/IPI - Tabela de Ajustes e Informações de Valores Provenientes de Documento Fiscal.

Em São Paulo podemos encontrar o código de estorno na Tabela II da PORTARIA SRE Nº 39, ​​DE 29-05-2023, segue abaixo

Podemos entender então, que cada UF demandará o procedimento para estorno de crédito nas operações com escrituração de CT-e substituídos. Por via de fatos, vimos nos exemplos acima que normalmente os dois documentos são mantidos na escrituração do tomador contribuinte, porem para a correta tomada de crédito, deve-se estornar os créditos do CT-e substituído, ou seja, do documento original, para que não existam duplicidades no aproveitamento desses créditos. É importante que cada contribuinte verifique em sua UF de origem qual é o procedimento correto/completo de estorno nessas situações para não haver erros e/ou falta de informações.

• EFD Contribuições:

Com base na legislação da EFD Contribuições para o PIS/PASEP e COFINS, especificamente tomando por base a norma que consolida a apuração das contribuições conforme a IN RFB 1.911/2018, não dispõe sobre regras de emissão do documento fiscal e também não dispõe sobre hipótese chamada de anulação/substituição. Desta forma, considerando as ponderações realizadas acima, podemos entender que a codificação de documento fiscal, para preenchimento do campo situação do documento do registro D200, será o que a legislação fiscal ICMS/IPI determinar. Portanto para o correto preenchimento deste campo, a legislação fiscal deve ser consultada pois é apenas um reflexo do que aquela legislação dispõe e que será transportado para este registro da EFD-Contribuições.