Inicialmente vamos detalhar a finalidade dos códigos de ajustes para o Estado de São Paulo:

SP40090207 - Entrada de mercadoria, oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado ou utilização de serviço iniciado fora do território paulista - Diferencial de alíquota. Artigo 117, II do RICMS/00.

II - como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", com a expressão "Inciso II do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto decorrente da aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo correspondente à operação ou prestação aludida no inciso anterior.

SP10090718 - Entrada de mercadoria, oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou utilização de serviço iniciado noutro Estado - Diferencial de alíquota. Artigo 117, I do RICMS/00

I - como crédito, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Inciso I do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto pago em outro Estado, relativo à respectiva operação ou prestação;

O documento fiscal relativo à operação ou à prestação será escriturado no livro Registro de Entradas, devendo ser anotado, na coluna "Observações", o valor correspondente à diferença do imposto devido a este Estado, com utilização das colunas sob os títulos "ICMS - Valores Fiscais" e "Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto".

Já na EFD-ICMS/IPI, deverá ser informado no Registro C197, que tem  por objetivo  detalhar outras obrigações tributárias, ajustes e informações de valores do documento fiscal do registro C195, que podem ou não alterar o cálculo do valor do imposto.

Dessa forma entendemos que os valores de diferencial de alíquota, quando houver, será somado diretamente na apuração, no Registro E110 (Apuração do ICMS - Operações Próprias), através dos valores de ICMS ou ICMS-ST (campo 07: "VL_ICMS") nos campos "VL_AJ_DEBITOS" ou "VL_AJ_CREDITOS", de acordo com a especificação do TERCEIRO CARACTERE do Código do Ajuste (Tabela 5.3 do Ato Cotepe/ICMS nº 09/2008 = Tabela de Ajustes e Valores provenientes do Documento Fiscal).

No Campo 08 (VL_OUTROS) , deverá preencher com os valores que consta na coluna outros da escrituração, quando houver.

Exemplificando:

Alíquota interestadual:12%

Alíquota interna:18%

Valor total da nota fiscal do fornecedor R$ 1.000,00 - Valor do ICMS R$ 120,00

Crédito - SP10090718 - Valor do ICMS R$ 120,00

Débito - SP40090207 - Valor do ICMS R$ 180,00

No registro E110, no campo de ajuste deve constar o valor de R$ 60,00

Caso a operação interna, esteja beneficiada com redução da base de cálculo, o valor correspondente a redução deverá ser informada no campo 08 (VL_OUTROS), pois a parcela reduzida não será considerada para cálculo do Diferencial de Alíquota.

Para complementar, veja também a documentação disponível no link:

Orientações Consultoria de Segmentos - TQIPOE - Crédito diferencial de alíquota no Ativo Imobilizado - SP