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A abreviação "TMS" significa Transportation Management System, ou seja, é o sistema de gerenciamento de transportes que tem como objetivo principal controlar todos os processos fiscais e gerenciais envolvidos na operação de transportes, bem como controlar os veículos, motoristas, fretes e viagens da empresa e de terceiros. Dentre as atividades mais importantes, destacam-se: controle das despesas dos veículos, viagens, fretes, emissão de CTRC (Conhecimento de Transporte Rodoviário de Cargas), nota fiscal de serviço, manifesto, entre outros.

O TMS do Protheus foi desenvolvido com foco no modal Rodoviário.

 O ambiente Gestão de Transportes controla todos os processos de um transportador, abrangendo as áreas: operacional, comercial, seguros, faturamento, logística e SAC. É uma solução totalmente integrada com a área administrativa (financeiro, fiscal e contábil).