De acordo com o Manual do arquivo pré-formatado da Nova Gia, desde 08/2004 os campos referentes a ImpRetSubstitutoST e ImpRetSubstituído, devem ser preenchidos com Zeros, para os CFOP's que especificam, entre eles os referentes a Substituição Tributária, mas se o campo BaseCalculo = 0 poderá existir valores maiores que Zero para os respectivos campos ImpRetSubstitutoST e ImpRetSubstituído.

A SEFAZ de São Paulo publicou a Resposta de Consulta 18325/2018, que trata da antecipação do ICMS Substituição Tributária, onde temos que o contribuinte deverá preencher as abas “Apuração do ICMS” e “Apuração do ICMS-ST-11” da GIA no lançamento dos valores referentes às operações provenientes de outro Estado, quando houver o recolhimento antecipado do imposto nos termos do artigo 426-A do RICMS/2000. 

Desta forma o valor recolhido por antecipação deverá ser lançado na aba Apuração do ICMS como "Outros Débitos" com o código de subitem 2.99, quanto aos valores referentes às operações próprias da Consulente (artigo 277, § 3º, item 1, do RICMS/2000);

E na aba Apuração do ICMS-ST  como “Outros débitos”, com o código de subitem 2.99, quanto aos valores referentes às operações subsequentes (artigo 277, § 3º, item 2, do RICMS/2000).

Temos a Orientação que trata da Antecipação tributária do ICMS, que poderá ser consultada no link:

Orientações Consultoria de Segmentos - TVBZRE - Antecipação tributária do imposto - entrada de mercadoria proveniente de outra UF - SP