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Provavelmente o fluig foi parado de forma inesperada fazendo com que os arquivos da pasta 'data' não fossem apagados de forma automática.

Solução

01. Parar os serviços do fluig;

02. Apagar o conteúdo da pasta 'data' localizado em [Instalação fluig]/appserver/domain/servers/fluig2[nome do servidor]/data. 

Não é preciso para o serviço do fluig para realizar este procedimento.

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03. Inciar os serviços em sua ordem correta.