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Não há necessidade de alterar nada nas movimentações. Basta vincular uma regra de apuração em uma ou mais regras de cálculo e processar a apuração novamente.

05 - Preciso incluir mil registros no perfil Tributário de Produto, existe alguma forma para auxiliar este preenchimento ou terei que fazer manualmente?

Sim existe, para esta tarefa existem os facilitadores dos perfis de Participante, Produtos, Operações e UF Origem/Destino.
Os facilitadores fornecem mecanismos de filtros, para que as inclusões ou exclusões sejam realizadas em lote, pois dependendo da quantidade de registros seria uma tarefa inviável de ser realizada manualmente. Os facilitadores estão disponíveis no próprio cadastros de perfis.