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É o que se costuma identificar como "frete a pagar". Note-se que, em tais casos, o valor do frete cobrado como despesa acessória pelo vendedor remetente, deverá ser indicado no campo próprio do documento fiscal (valor do frete) e obrigatoriamente comporá a base de cálculo do ICMS incidente sobre a mercadoria, pois o acessório segue o principal (Resposta à Consulta do fisco paulista nº 499/1981).

“Decreto nº 45.490, de 30.11.2000 - DOE SP de 01.12.2000 - Ret. DOE SP de 13.01.2000
(...)
Art. 37. Ressalvados os casos expressamente previstos, a base de cálculo do imposto nas hipóteses do artigo 2º é (Lei nº 6.374/89, art. 24, na redação da Lei nº 10.619/2000, art. 1 , XIII):
(...)
§ 1º - Incluem-se na base de cálculo:
(...)
2 - frete, se cobrado em separado, relativo a transporte intramunicipal, intermunicipal ou interestadual, realizado pelo próprio remetente ou por sua conta e ordem;

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Nosso entendimento é que independente da cláusula contratual do frete informada pelo usuário, CIF ou FOB, havendo valor de frete informado no documento, este seja considerado para o cálculo dos tributos (ICMS/IPI/PIS/COFINS), conforme configuração e também seja somado ao total da nota fiscal.

Este entendimento segue as normas tributárias, que não preveem as cláusulas CIF ou FOB, bastando que o frete esteja indicado no documento fiscal para ser considerado como valor acessório e sobre o mesmo deverão ser calculados os tributos da operação. 

Fundamentação Legal: http://info.fazenda.sp.gov.br/NXT/gateway.dll?f=templates&fn=default.htm&vid=sefaz_tributaria:vtribut 

Chamado: TQUXY0; 6651020