O Microsiga Protheus ERP possui uma grande flexibilidade para customizações e personalizações, que referem-se tanto em artefatos compilados dentro do repositório de fontes (RPO), quanto dentro das estruturas de pastas de instalação do Protheus.

No modelo de implantação do Microsiga Protheus ERP on-premisse (dentro de sua casa), todos os artefatos customizados/personalizados são de total responsabilidade do cliente, isto quer dizer que tanto a guarda, as manutenções e a garantia da qualidade dos artefatos são de critério adotado pelo cliente e/ou time de projeto.

No modelo de implantação do Microsiga SmartERP Protheus ERP em cloud, a TOTVS guarda e verifica a qualidade dos artefatos. Desta forma, a TOTVS garante que os artefatos não sejam perdidos, além da qualidade do que é disponibilizado no ambiente produtivo.