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Na parte superior da tela tem o campo União das Permissões, este campo quando marcado vai unir as permissões replicadas com as que o usuário já possui, mas se desmarcar esta opção todas as permissões que o usuário tinha antes serão perdidas, e ficarão apenas as que foram replicadas do usuário base.
Clicando em salvar, ira abrir uma tela de confirmação com a seguinte mensagem: "O processo de replicação de permissões pode demorar alguns minutos, conforme a quantidade de registros envolvidos. Deseja continuar?"