Foi encontrado o erro , onde caso parametrizado nos parâmetros de cálculo da NF que "Lança Despesa Conforme Pedido", houver despesa no pedido formado a partir de frete na tabela de custos e também o fornecedor enviar o frete na NF.
...
Como correção foi feito o mesmo tratamento caso houver valor de frete na nf para nota fiscal para o item. Após o tratamento, ao integrar a NFnota fiscal, o frete irá compor apenas a Despesa Tributada.
...
Se estiver na versão 19.07, atualizar o sistema para a release 19.07.095 ou release superior.
Se estiver na versão 20.01, atualizar o sistema para a release 20.01.034 ou
...
release superior.
Os procedimentos podem ser realizados através do AcruxRecebimento > Atacado/Varejo > Recebimento de Notas