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Para que esta mensagem não seja apresentada, basta que a Inscrição Estadual seja informada com a quantidade necessária de caracteres, conforme regra disponível no site do Sintegra, sendo para o Estado de Minas Gerais 13 caracteres:

Regras de validação -

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Arquivos Magnéticos

Além disso, também há validação nos arquivos EFD ICMS/IPI e EFD Contribuições quanto a quantidade de caracteres informados as Inscrições Estaduais, gerando erro na validação do arquivo se informado tamanho menor:

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