Foi encontrado o erro , onde caso parametrizado nos parâmetros de cálculo da NF que "Lança Despesa Conforme Pedido", houver despesa no pedido formado a partir de frete na tabela de custos e também o fornecedor enviar o frete na NF.
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Como correção foi feito o mesmo tratamento caso houver valor de frete na nota fiscal para o item. Após o tratamento, ao integrar a nota fiscal, o frete irá compor apenas a Despesa Tributada.
Atualizar o sistema para a versão 20.01.034 ou versão superior.
Os procedimentos podem ser realizados através do AcruxRecebimento > Atacado/Varejo > Recebimento de Notas