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Parâmetro 9050 estava ativo para loja.
O problema ocorria devido ao processo de geração automática abortar todo o lote de Notas Fiscais caso o erro ocorresse com apenas uma Nota Fiscal do lote.
A solução encontrada foi de tratar individualmente cada Nota Fiscal do lote recebido pelo servidor, ocorrendo erro em algum dos procedimentos de integração da Nota Fiscal, o sistema grava um LOG com o erro ocorrido e em seguida passará para a integração da próxima Nota Fiscal.