Na página de perguntas e respostas do eSocial, o governo respondeu que para autônomo carreteiro/freteiro deverá haver um desmembramento de rubricas:

Observe que o valor do frete foi de R$ 10.000,00, mas houve o desmembramento desse valor nas rubricas X, XX e XXX. A primeira rubrica apenas tem incidência pra INSS, a segunda rubrica apenas tem incidência pra IRRF e a terceira rubrica não possui incidência.

Para seguir a determinação do governo, foi efetuado a criação de três Ids de cálculo:

1563 - Valor do Frete - Incidência INSS, que irá conter a parte do frete que possui incidência para INSS;

1564 - Valor do Frete - Incidência IRRF, que irá conter a parte do frete que possui incidência para IRRF;

1565 - Valor do Frete - Sem Incidência, que irá conter a parte do frete que não possui incidência.

As verbas deverão ser cadastradas com a configuração abaixo: