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Temos uma NF no valor de R$ 1.000,00, porém R$ 50,00 é de ST.
Ao marcar a flag "Valor Titulo" e "Considerar Icms Retido/Tx. Boleto", a comissão será encima do valor de R$ 950,00, no entanto no relatório o valor do título no relatório será R$ 1.000,00, o que irá ser alterado é o valor de comissão a ser pago, assim seu percentual também será alterado.
Ao desmarcar a flag, a comissão será encima do valor de R$ 1.000 (onde o percentual de comissão será de acordo com o cadastro de comissão). 

OBS: Caso está para deduzir impostos apenas na 1° parcela e a NF foi dividida em 2 ou mais, é preciso desconsiderar esta flag e marcar o campo de tipo "Valor Recebido" como queira que traga o valor do título menos os impostos é preciso desmarcar a flag "Valor Titulo" e marcar "Valor Base Comissão".