Em Abril de 1991 a Microsiga Software inicio o desenvolvimento do produto Siga Advanced. Nesta época o sistema era desenvolvido sobre a linguagem Clipper 5.x.

O sistema possuia uma interface padrão colorida baseada em caracter que continha o conceito de 'Janelas', permitindo assim o uso de dispositivos de entrada que o destacava dos sistema desta época.

O metadados ou dicionário de dados ativo permitia aos usuários do sistema flexibilidade e personalização das interfaces do sistema, permitindo a criação de novas tabelas, campos, indices, entre outros.

Para uma maior flexibilidade do produto o sistema admitia a criação de programas personalizados pelo cliente, de modo a extende-lo as necessidades do cliente.

Nesta época o sistema permitia o uso dos sistemas operacionais DOS ou Windows e dos bancos de dados ADS Server ou AS/400.

Em 1995 surgi a primeira versão Windows do Siga Advanced. O sistema teve sua interface totalmente remodelada para a interface do Microsoft Windows da época. A linguagem de programação do produto continuava baseada no Clipper 5.X e foi acrescentada uma biblioteca chamada FiveWin que permitia sua utilização sobre a interface do Windows.

Paralelo a mudança da interface gráfica, a Microsiga desenvolveu a tecnologia Top Connect que permitiu ao sistema o suporte aos bancos de dados relacionais, como o SQL Server e Oracle.

O sistema para a ter suporte a dois idiomas - Português e Espanhol e uma série de módulos e novos processos de negócio foram desenvolvidos no produto, como: SCM e CRM.

Após o sucesso da tecnologia Top Connect, a Microsiga Software S/A decide substituir a linguagem de programação do Siga Advanced por uma tecnologia própria, a decisão foi pautada em dos pilares do sistema 'Respeito ao Legado', haja visto o grande volume de personalizações criadas por nossos clientes e parceiros. Assim em 1998 o Siga Advanced é rebatizado para Advanced Protheus e surge a linguagem de programação AdvPL.

O sistema surge com uma nova arquitetura de desenvolvimento, agora baseado em três-camadas, permitindo mobilidade ao usuários do sistema, sem o uso de Web-Enabler.

A interface de usuário do Advanced Protheus utilizava a linguagem de programação Borland Delphi que permitia um maior volume de componentes gráficos que a biblioteca FiveWin e sua utilização abaixo do Internet Explorer através de um plugin ActiveX.

Com o advento da camada servidora do sistema, o sistema passou a operar no sistema operacional Linux e a ter suporte ao desenvolvimento Web, SOA, Remote Procedure Call (RPC) e Telnet.

O sistema muda de nome mais uma vez e passa a ser chamado de Microsiga Protheus.

A liguagem de programação AdvPl passa a ter suporte a CSS Style e a programação em Grid Computing.

O Application Server passa a suportar uma nova linguagem de programação, 4GLi, permitindo interoperabilidade com a linguagem AdvPl.

O FrameWork base de desenvolvimento do Protheus passa a ser baseado em MVC (Model View and Control).