O que são os arquivos *.ch?

Arquivos *.ch (includes) são linhas utilizadas para importar referências de outros códigos fontes para o fonte atual

(ex: quando eu inserir no meu código STR0001, caso eu tenha um include com essa definição, o Protheus utilizará o valor atribuído a ela para exibir na customização)

RWMAKE.ch

A biblioteca RWMAKE.ch sendo a mais antiga, ela importa algumas definições básicas de funções.

Atualmente não recomendamos mais a sua utilização, dado o fato que já foi disponibilizada uma biblioteca mais atualizada contendo as definições dela (RWMAKE.ch) e alguns acréscimos.

PROTHEUS.ch

Podemos dizer a biblioteca PROTHEUS.ch é a evolução da RWMAKE.ch, uma vez que a mesma contém as definições da anterior (RWMAKE.ch) e mais alguns acréscimos para manipulação e criação de objetos.

TOTVS.ch

Esta biblioteca funciona como um alias (apelido/apontamento) para a biblioteca PROTHEUS.ch.

Conclusão

Utilize a biblioteca TOTVS.ch, uma vez que a mesma importa as definições de função da PROTHEUS.ch e futuramente pode receber novos defines.