O Lucro Presumido é uma forma simplificada de determinação da base de cálculo do IRPJ e da CSLL das pessoas jurídicas que não estiverem obrigadas à apuração pelo lucro real, e é devido trimestralmente.
A opção pelo lucro presumido é manifestada com o primeiro pagamento do imposto devido de cada ano-calendário e é irretratável para todo o ano-calendário (Lei nº 9.964/200, art. 4º). Entretanto, a empresa sai deste sistema de tributação se deixar de se enquadrar nas condições necessárias para permanecer no mesmo.
Na legislação atual, existe previsão de quanto alíquotas aplicáveis na determinação do Lucro Presumido: 16%, 8%, 16% e 32% para o IRPJ e  já para a CSLL, existem dois percentuais: 12% e 32%, onde uma entidade por se sujeitar a mais de uma das alíquotas.
A aplicação de um percentual ou outro depende da atividade da empresa.
No evento tributário onde a Forma de Tributação do Evento for "Lucro Presumido", o sistema deve apresentar as seguintes pastas conforme detalhamento abaixo: 

Estrutura de Pastas 

Tipo de Lucro

Apresentação de Abas

Lucro Presumido ou Lucro Arbitrado

Receita Bruta 
Alíquota 1 
Alíquota 2 
Alíquota 3 
Alíquota 4 
Demais Receitas 
Exclusões da Receita 
Adicionais do Tributo 
Deduções do Tributo 
Compensações do Tributo 

Receita Bruta - A Receita Bruta do Lucro Presumido é baseada nas alíquotas de Presunção do  imposto, estas que serão definidas no cadastro do Tributo tanto para IRPJ e CSLL.

Demais Receitas  - Na determinação do Lucro Presumido, aplicar as regras cabíveis às demais Receitas.

Exclusões da Receita  - Na determinação do Lucro Presumido, aplicar as regras cabíveis às exclusões da Receita

Adicionais do Tributo  - Na determinação do Lucro Presumido, aplicar as regras cabíveis aos adicionais do tributo

Deduções do Tributo   - Na determinação do Lucro Presumido, aplicar as regras cabíveis às deduções do Tributo. Para efeito de pagamento, a pessoa jurídica poderá deduzir do imposto devido no período de apuração.

Compensações do Tributo  - Prejuízos de períodos anteriores que podem ser compensados
 
Lucro Arbitrado

O arbitramento do lucro é uma forma de apuração de base cálculo do imposto de renda empregada pela autoridade tributária cabíveis.
É aplicada pela autoridade tributária quando a pessoa jurídica deixa de desempenhar as suas obrigações acessórias referentes a determinação do Lucro Real ou Presumido, de acordo com os casos previstas no Art. 47 da Lei nº 8.981/95.
Desde quando ocorrida qualquer hipótese de arbitramento predito na legislação fiscal, o contribuinte poderá realizar o pagamento do imposto de renda correspondente com base nas normas do lucro arbitrado.

Base de Cálculo - Lucro Arbitrado

O Lucro Arbitrado das pessoas jurídicas é determinado mediante a aplicação sobre a receita bruta trimestral, quando conhecida um dos seguintes percentuais definidos pela atividade da entidade: 1,92%, 9,6%, 38,4% ou 45%.
As mesmas regras de apuração e de pagamento são aplicadas para a CSLL para pessoas jurídicas optante pelo Lucro Presumido.
A alíquota da CSLL é a normal, ou seja, não existe a majoração como no Imposto de Renda.
Para o Lucro Arbitrado serão apresentas as mesmas pastas exibidas para o Lucro Presumido, apenas com diferença nos percentuais de presunção que são maiores.
Observação: Será habilitada uma subpasta para cada alíquota de presunção do lucro especificada no cadastro de tributo (somente quando houver alíquota informada)

Cálculo do Imposto - Lucro Arbitrado

O imposto deverá ser calculado trimestralmente conforme definido no cadastro do tributo sobre a alíquota de 15% (quinze por cento) sobre o Lucro Arbitrado.
A parcela do Lucro Arbitrado que exceder ao valor de R$20.000,00 (Vinte Mil Reais) pelo número de meses do relativo período de apuração, fica sujeito ao adicional sobre a alíquota de 10% (dez por cento).
A pessoa jurídica submetida a forma de tributação Lucro Arbitrado poderá subtrair do imposto apurado em cada trimestre (IN SRF nº 93, de 1997, Art. 44):
a) o imposto de renda pago ou retido na fonte sobre receitas que agregam a base de cálculo do imposto devido;
b) o imposto de renda retido na fonte por órgãos públicos, conforme art. 64 da Lei nº 9.430, de 1996;
c) o imposto de renda retido na fonte por Entidades da Administração Pública Federal (Lei nº 10.833/2003, art. 34);
d) o imposto de renda pago incidente sobre ganhos no mercado de renda variável.
A pessoa jurídica pode efetuar as seguintes compensações:
a) pagamento indevido ou a maior que o devido de imposto de renda;
b) saldo negativo de imposto de renda de períodos anteriores;
c) outras compensações efetuadas mediante Declaração de Compensação (PER/DComp) ou processo administrativo.
A apuração pelo Lucro Presumido e Arbitrado não é acumulativa e é definitiva, ou seja, serão considerados para efeito da apuração somente a movimentação do mês que se está apurando. Segue esquema do cálculo:

Base de Cálculo
 

Valor do Imposto

Observação: O adicional só é devido para o tributo IRPJ.