O WinThor apresenta dois estoques, Contábil e Gerencial, para efeito fiscal é considerado o Contábil, pois, ele será entregue à Sefaz por meio do SPED Fiscal ou impresso no formato de Livro Registro de Inventário. O Inventário e/ou Estoque Fiscal é o valor apresentado pela rotina 1010 - Livro Registro de Inventário, cujos números apresentados são decorrentes das operações realizadas com notas fiscais.

As rotinas 105 - Posição do estoque e 1118 - Extrato de Produtos apresentam valores de estoque Gerencial, ou seja, todos os produtos que possuem movimentação com e sem a emissão de notas fiscais. Não podem haver diferenças entre os estoques (contábil e gerencial), porém, é necessária a emissão de notas fiscais sempre que houver ajustes de estoque realizados na rotina 1117 - Ajustar estoque/1147 - Manutenção de inventário rotativo. Esta emissão deve ser realizada na rotina 1188 - Atualização Contábil de Inventários.

Observação: caso o processo acima não seja realizado poderá provocar divergências entre os estoques Contábil e Gerencial.